Прошло два года с тех пор, как команда супербойцов под предводительством Клауда Страйфа спасла мир от кошмарного злодея Сефирота. Настал мир, и могучий Клауд удалился от дел, поселившись в сиротском приюте, чтобы среди детей забыть о кровавых битвах прошлого.

Но покой герою только снится: жителей планеты начинает поражать странная болезнь-Геостигма, а в окрестностях появляется таинственный незнакомец по имени Кададж, явно замышляющий дурное. И его недобрые планы как-то связаны с беззащитными сиротами.